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      分子遺傳學(xué)研究組

      研究組介紹

      利用分子遺傳學(xué)手段研究資源植物中的基因資源及其利用。目前聚焦的資源植物有江西東鄉(xiāng)野生稻和穇子。前者主要聚焦耐冷功能基因挖掘來培育苗期耐倒春寒及灌漿期耐寒露風(fēng)的雙季稻新品種,幫助解決糧食安全的問題;后者主要是聚焦?fàn)I養(yǎng)品質(zhì)和產(chǎn)量提高等。這兩種資源植物都有自己的栽培品種和野生近緣種。野生稻本事是水稻的野生近緣種,牛筋草是穇子的野生近緣種。本組的研究方向還會涉及到野生近緣種到栽培種的馴化過程中的各種科學(xué)問題。

      江西東鄉(xiāng)野生稻 Oryza rufipogon Griff. DX

      穇子(Eleusine coracana

      研究組成員

      姓名

      崗位

      職稱/學(xué)位

      研究方向

      聯(lián)系方式

      儲昭慶

      研究組長

      研究員/博士

      分子遺傳

      chuzhaoq@lsbg.cn

      杜艷麗

      研究組員

      助理研究員/博士

      分子遺傳

      duyl@lsbg.cn

      方俊儀

      研究組員

      科研助理/碩士

      分子遺傳

      fangjy@lsbg.cn

      研究組長

      姓  名: 儲昭慶 研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組長 職  稱: 研究員
      通訊地址: 廬山植物園南昌溪霞分園
      郵政編碼: 330014 電子郵箱: chuzhaoq@lsbg.cn
      姓  名: 儲昭慶
      研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組長
      職  稱: 研究員
      通訊地址: 廬山植物園南昌溪霞分園
      郵政編碼: 330014
      電子郵箱: chuzhaoq@lsbg.cn

      儲昭慶,博士,研究員,南昌大學(xué)和江西農(nóng)業(yè)大學(xué)兼職博士生導(dǎo)師。九三學(xué)社社員。中國科學(xué)院植物生理生態(tài)研究所分子遺傳學(xué)博士。畢業(yè)后赴新加坡,先后在新加坡分子農(nóng)業(yè)研究所、淡馬錫生命科學(xué)研究所,新加坡基因組研究所,新加坡國立大學(xué)藥學(xué)院生物化學(xué)系及癌癥科學(xué)研究所工作。回國后在上海辰山植物園/中國科學(xué)院上海辰山植物科學(xué)研究中心成立植物抗逆與分子進(jìn)化研究組,擔(dān)任組長。發(fā)表研究論文近40篇,其中CSI收錄近30篇;獲得授權(quán)專利兩項(xiàng)。其中一項(xiàng)獲得上海市優(yōu)秀發(fā)明選拔賽職工技術(shù)創(chuàng)新銀獎。主持九江市“雙百雙千”高精尖人才引領(lǐng)計(jì)劃(創(chuàng)新類)、江西省“雙百雙千”創(chuàng)新領(lǐng)軍人才長期項(xiàng)目(自然科學(xué)類)、科學(xué)院/國家留學(xué)基金委/上海市等各類課題十余項(xiàng)。中組部團(tuán)中央第十七批博士服務(wù)團(tuán)成員,曾掛職江西農(nóng)業(yè)大學(xué)校長助理。


      社會任職:

      中國野生植物保護(hù)協(xié)會芳香植物專業(yè)委員會理事

      中國草學(xué)會生物技術(shù)專業(yè)委員會理事

      江西省植物生理學(xué)會常務(wù)理事

      BMC Plant biology 雜志 Associate Editor

       

      目前承擔(dān)的項(xiàng)目:

      1. 江西省“雙百雙千”創(chuàng)新領(lǐng)軍人才長期項(xiàng)目(自然科學(xué)類)

      2. 九江市“雙百雙千”高精尖人才引領(lǐng)計(jì)劃(創(chuàng)新類)

      3. 野生稻種質(zhì)資源稻收集

      4. 九江市回國人員創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)項(xiàng)目


      以前承擔(dān)的項(xiàng)目:

      5. 單子葉新模式植物二穗短柄草遺傳研究系統(tǒng)的完善和提升 (科學(xué)院)

      6. 控制植物逆境組合的基因的篩選 國家留學(xué)回國人員基金(優(yōu)秀類)

      7. 溫度對檸檬草(Cymbopogon citratus)單萜類代謝的影響研究

      8. 二穗短柄草關(guān)鍵WRKY基因的功能研究

      9. 耐熱高羊茅分子標(biāo)記輔助選擇育種研究

      10. 植物耐熱基因的分離

      11. 禾本科植物抗逆性品種的收集及其抗逆性基因篩選和功能分析的研究

      12. AN INDUCIBLE ENDOTHELIAL NICHE REGULATED BY STAT3-LTBP2 FOR CANCER METASTASIS (Fu_RO1_Research_Plan)

      13. Stat3’s role in dopaminergic neurogenesis and Parkinson’s disease (Projects in Neuroscience in Fu Laboratory, Biochemistry, NUS)

      14. Studies of Transcriptional Programs during Cell Cycle in Fission Yeast (Project of Cell Cycle from Pombe at Jianhua Liu’s lab in Genome Institute of Singapore)

      15. Systematic Protein Kinase and Transcription Factor Deletion and Expression Profiling analysis in pombe(Project of Cell Cycle from Pombe at Jianhua Liu’s lab in Genome Institute of Singapore)

      16. Cellular phenotypic analysis of Xa27 transgenic tp309/TT2, IR24/IRBB27 rice (Project in Dr.Zhongchao Yin’s lab in IMA/TLL in Singapore) 13、 PHD domain containing protein mutant analysis in Arabidopsis (Project in Prof. Nam-Hai Chua/Dr. Xie Qi lab in IMA/TLL in Singapore)

      17. Cellulose and cellulose synthase (Project in Prof. Nam-Hai Chua/Dr. Xie Qi lab in IMA/TLL in Singapore)……


      論文及論著:

      1. Chu Z* Medicinal and edible lemon grass (Cymbopogon citratus). LIFE WORLD 2020.8 22-23

      2. Wang W, Singh SK, Li X, Sun H, Yang Y, Jiang M, Zi H, Liu R, Zhang H, Chu Z*. Partial defoliation of Brachypodium distachyon plants grown in petri dishes under low light increases P and other nutrient levels concomitantly with transcriptional changes in the roots. PeerJ. 2019 Jun 13;7:e7102. doi: 10.7717/peerj.7102. eCollection 2019.

      3. Niu C, Jiang M, Li N, Cao J, Hou M, Ni DA, Chu Z*. Integrated bioinformatics analysis of As, Au, Cd, Pb and Cu heavy metal responsive marker genes through Arabidopsis thaliana GEO datasets. PeerJ. 2019 Mar 18;7:e6495. doi: 10.7717/peerj.6495. eCollection 2019.

      4. Yang Y, Tang K, Datsenka TU, Liu W, Lv S, Lang Z, Wang X, Gao J, Wang W, Nie W, Chu Z, Zhang H, Handa AK, Zhu JK, Zhang H. Critical function of DNA methyltransferase 1 in tomato development and regulation of the DNA methylome and transcriptome. J Integr Plant Biol. 2019 Jan 16. doi: 10.1111/jipb.12778.

      5. Vílchez JI, Tang Q, Kaushal R, Wang W, Lv S, He D, Chu Z, Zhang H, Liu R, Zhang H. Complete Genome Sequence of Bacillus megaterium Strain TG1-E1, a Plant Drought Tolerance-Enhancing Bacterium. Microbiol Resour Announc. 2018 Sep 27;7(12). pii: e00842-18. doi: 10.1128/MRA.00842-18. eCollection 2018 Sep.

      6. Jiang M, Niu C, Cao J, Ni DA, Chu Z*. In silico-prediction of protein-protein interactions network about MAPKs and PP2Cs reveals a novel docking site variants in Brachypodium distachyon. Sci Rep. 2018 Oct 10;8(1):15083. doi: 10.1038/s41598-018-33428-5.

      7. Vílchez JI, Tang Q, Kaushal R, Wang W, Lv S, He D, Chu Z, Zhang H, Liu R, Zhang H. Genome Sequence of Bacillus megaterium Strain YC4-R4, a Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Isolated from a High-Salinity Environment. Genome Announc. 2018 Jun 21;6(25). pii: e00527-18. doi:10.1128/genomeA.00527-18.

      8. Jiang M, Chu Z*. Comparative analysis of plant MKK gene family reveals novel expansion mechanism of the members and sheds new light on functional conservation. BMC Genomics. 2018 May 29;19(1):407. doi: 10.1186/s12864-018- 4793-8.

      9. Li Y, Zuo S, Zhang Z, Li Z, Han J, Chu Z, Hasterok R, Wang K. Centromeric DNA characterization in the model grass Brachypodium distachyon provides insights on the evolution of the genus. Plant J. 2018 Mar;93(6):1088-1101. doi: 10.1111/tpj.13832. Epub 2018 Feb 27.

      10. Yang Y, Wang W, Chu Z, Zhu JK, Zhang H. Roles of Nuclear Pores and Nucleocytoplasmic Trafficking in Plant Stress Responses. Front Plant Sci. 2017 Apr 12;8:574. doi: 10.3389/fpls.2017.00574. eCollection 2017. Review.

      11. Qin G, Ma J, Chen X, Chu Z*, She YM*. Methylated-antibody affinity purification to improve proteomic identification of plant RNA polymerase Pol V complex and the interacting proteins. Sci Rep. 2017 Feb 22;7:42943. doi: 10.1038/srep42943.

      12. Cao J, Jiang M, Li P, Chu Z*. Genome-wide identification and evolutionary analyses of the PP2C gene family with their expression profiling in response to multiple stresses in Brachypodium distachyon. BMC Genomics. 2016 Mar 3;17:175. doi: 10.1186/s12864-016-2526-4.

      13. Liu X, Chu Z*. Genome-wide evolutionary characterization and analysis of bZIP transcription factors and their expression profiles in response to multiple abiotic stresses in Brachypodium distachyon. BMC Genomics. 2015 Mar 22;16:227. doi: 10.1186/s12864-015-1457-9.

      14. Jiang M, Wen F, Cao J, Li P, She J, Chu Z*. Genome-wide exploration of the molecular evolution and regulatory network of mitogen-activated protein kinase cascades upon multiple stresses in Brachypodium distachyon. BMC Genomics. 2015 Mar 24;16:228. doi: 10.1186/s12864-015-1452-1.

      15. Liu J*, Jia Y, Li J, Chu Z*. Transcriptional profiling analysis of individual kinase deletion strains of fission yeast in response to nitrogen starvation. Mol Genet Genomics. 2015 Jun;290(3):1067-83. doi: 10.1007/s00438-014-0966-6. Epub 2014 Dec 21.

      16. Zhu H, Wen F, Li P, Liu X, Cao J, Jiang M, Ming F, Chu Z*. Validation of a reference gene (BdFIM) for quantifying transgene copy numbers in Brachypodium distachyon by real-time PCR. Appl Biochem Biotechnol. 2014 Mar;172(6):3163- 75. doi: 10.1007/s12010-014-0742-4. Epub 2014 Feb 5.

      17. Wen F, Zhu H, Li P, Jiang M, Mao W, Ong C, Chu Z*. Genome-wide evolutionary characterization and expression analyses of WRKY family genes in Brachypodium distachyon. DNA Res. 2014 Jun;21(3):327-39. doi: 10.1093/dnares/dst060. Epub 2014 Jan 21.

      18. Liu X, Li X, Ong SM and Chu Z* Progress of Phytoremediation: Focus on New Plant and Molecular Mechanism. Journal of Plant Biology and Soil Health (2013) 1:1 (Invited Review)

      19. Eshaghi M, Zhu L, Chu Z, Li J, Chan CS, Shahab A, Karuturi RK, Liu J. Deconvolution of chromatin immunoprecipitation-microarray (ChIP-chip) analysis of MBF occupancies reveals the temporal recruitment of Rep2 at the MBF target genes. Eukaryot Cell. 2011 Jan;10(1):130-41. doi: 10.1128/EC.00218-10. Epub 2010 Nov 12.

      20. Eshaghi M, Lee JH, Zhu L, Poon SY, Li J, Cho KH, Chu Z, Karuturi RK, Liu J. Genomic binding profiling of the fission yeast stress-activated MAPK Sty1 and the bZIP transcriptional activator Atf1 in response to H2O2. PLoS One. 2010 Jul 16;5(7):e11620. doi: 10.1371/journal.pone.0011620.

      21. Chu Z, Eshaghi M, Poon SY, Liu J. A Cds1-mediated checkpoint protects the MBF activator Rep2 from ubiquitination by anaphase-promoting complex/cyclosome- Ste9 at S-phase arrest in fission yeast. Mol Cell Biol. 2009 Sep;29(18):4959-70. doi: 10.1128/MCB.00562-09. Epub 2009 Jul 13.

      22. Chu Z, Li J, Eshaghi M, Karuturi RK, Lin K, Liu J. Adaptive expression responses in the Pol-gamma null strain of S. pombe depleted of mitochondrial genome. BMC Genomics. 2007 Sep 15;8:323.

      23. Eshaghi M, Karuturi RK, Li J, Chu Z, Liu ET, Liu J. Global profiling of DNA replication timing and efficiency reveals that efficient replication/firing occurs late during S-phase in S. pombe. PLoS One. 2007 Aug 8;2(8):e722.

      24. Chu Z, Li J, Eshaghi M, Peng X, Karuturi RK, Liu J. Modulation of cell cycle specific gene expressions at the onset of S phase arrest contributes to the robust DNA replication checkpoint response in fission yeast. Mol Biol Cell. 2007 May;18(5):1756-67. Epub 2007 Mar 1.

      25. Chu Z, Chen H, Zhang Y, Zhang Z, Zheng N, Yin B, Yan H, Zhu L, Zhao X, Yuan M, Zhang X, Xie Q. Knockout of the AtCESA2 gene affects microtubule orientation and causes abnormal cell expansion in Arabidopsis. Plant Physiol. 2007 Jan;143(1):213-24. Epub 2006 Nov 3.

      26. Gu K, Yang B, Tian D, Wu L, Wang D, Sreekala C, Yang F, Chu Z, Wang GL, White FF, Yin Z. R gene expression induced by a type-III effector triggers disease resistance in rice. Nature. 2005 Jun 23;435(7045):1122-5.

      27. Lou Y, Ma H, Lin WH, Chu ZQ , Bernd M-R, Xu ZH and Xue HW. The highly charged region of plant β-type phosphatidylinositol 4-kinase is involved in membrane targeting and phospholipid binding. Plant Molecular Biology (2006) 60: 729-746

      28. LIN F, XU SL, NI WM, CHU ZQ, XU ZH, XUE HW Identification of ABA responsive genes in rice shoots via cDNA macroarray. Cell Research (2003) 13(1):59-68

      29. Zhaoqing Chu, Li Li, Li Song, and Hongwei Xue Advances on Brassinosteroid Biosynthesis and Functions. Chinese Bulletin Botany (2006) 23: 543-555

      30. Li Song, Li Li, Zhaoqing Chu, and Hongwei Xue Brassinosteroids Signal Transduction in Arabidopsis. Chinese Bulletin Botany (2006) 23: 556-563

      31. Xiang-Jun Zhou, Lun-Shan Wang, Zhi-Ping, Lin, Jun-Wei Jia, Shan Lu, Zhao-Qing Chu, Xiao-Ya Chen. Fusion Expression of Raphanus sativus-Antifungal Protein 1 (Rs-AFP1) in Escherichia coli and Its Antifungal Activity on Verticillium dahliae. Atca botanica Sinica (2000) 42(7): 703-707.

      32. Zhao-qing Chu, Jun-Wei Jia, Xiang-Jun Zhou, Xiao-Ya Chen Isolation of glycoproteins from Verticillium dahlia and their phytotoxicity. Acta botanica Sinica (1999) 41(9): 972-976.

      33. Xi Qi-Shen, Zhao-qing Chu, Lian-Shen Hou Study of synchronization & cell cycle in Duniliella satina. Jounal of ECNU (Nature Science) (1997) 4: 23-26.

      34. 朱宏, 李鵬, 儲昭慶* 轉(zhuǎn)基因草坪草抗逆研究進(jìn)展。 中國植物園 (2013) 16:50-54.

      35. 李鵬,儲昭慶*,朱宏 多年生黑麥草抗逆性研究進(jìn)展。 廣東農(nóng)業(yè)科學(xué) (2013).40(17)120-123.

      36. 李鵬,儲昭慶*,朱宏 多年生黑麥草逆境生物學(xué)研究進(jìn)展。 中國植物園 (2013) 16:24- 

      授權(quán)專利:

      1. 一種單細(xì)胞快速篩選植物多重抗逆性基因的方法 “上海市優(yōu)秀發(fā)明選拔賽職工技術(shù)創(chuàng)新銀獎” 專利授權(quán)公告號:CN 103509876 B 排名第一

      2. 一種適合于二穗短柄草外源基因檢測及拷貝數(shù)分析的內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因及其應(yīng)用 專利授權(quán)公告號:CN 103525922 B排名第一


      研究組員

      姓  名: 杜艷麗 研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組員 職  稱: 助理研究員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: duyl@lsbg.cn
      姓  名: 杜艷麗
      研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組員
      職  稱: 助理研究員
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: duyl@lsbg.cn

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2019年9月-2023年6月 江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 作物栽培學(xué)與耕作學(xué) 博士

      2016年9月-2019年6月 聊城大學(xué) 風(fēng)景園林學(xué) 碩士

      2011年9月-2015年6月 聊城大學(xué) 園藝 學(xué)士


      工作經(jīng)歷:

      2023年8月-至今 中國科學(xué)院廬山植物園 助理研究員


      研究領(lǐng)域:

      分子遺傳


      論文及論著:

      1. Long C#, Du Y#, Zeng M, Deng X, Zhang Z, Liu D, Zeng Y*. Relationship between chalkiness and the structural and physicochemical properties of rice starch at different nighttime temperatures during the early grain-filling stage. Foods, 2024,13, 1516. 

      2. Du Y#, Long C, Deng X, Zhang Z, Liu J, Xu Y, Liu D*, Zeng Y*. Physiological basis of high nighttime temperature-induced chalkiness formation during early grain-filling stage in rice (Oryza sativa L.). Agronomy, 2023, 13, 1475.

      3. Deng X#, Long C, Chen L, Du Y, Zhang Z, Gan L, Zeng Y*. Special microbial communities enhanced the role of aged biochar in reducing Cd accumulation in rice. Agronomy 2023, 13, 81.

      4. Liu D#, Zeng M, Wu Y, Du Y, Liu J, Luo S, Zeng Y*. Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis underlying pre-harvest sprouting in rice. BMC Genomics. 2022, 23(1):771.

      5. 曹娜#, 杜艷麗, 刁寧寧, 張秀省*. 4種麥冬的生長特性比較. 草業(yè)科學(xué), 2020, 37(02): 298-304. 

      6. 杜艷麗#, 曹興*, 王桂清, 趙培寶, 李海云, 荊曉東, 吳澤, 義鳴放, 張秀省*. 百合灰霉病病原菌鑒定及其部分生物學(xué)特性測定. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報, 2019, 50(02): 307-314.

      7. 杜艷麗#, 高慶月, 曹娜, 張秀省*, 呂福堂. 潤濕劑對栽培基質(zhì)水分的影響. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué), 2019, 47(04): 102-104.


      研究組員

      姓  名: 方俊儀 研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組員 職  稱: 科研助理
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114 電子郵箱: fangjy@lsbg.cn
      姓  名: 方俊儀
      研 究 組: 分子遺傳學(xué)研究組
      職  務(wù): 研究組員
      職  稱: 科研助理
      通訊地址: 江西省南昌市新建區(qū)廬山植物園南昌科研中心
      郵政編碼: 330114
      電子郵箱: fangjy@lsbg.cn

      學(xué)習(xí)經(jīng)歷:

      2021年9月-2024年6月 南昌大學(xué) 植物學(xué) 碩士

      2017年9月-2021年6月 井岡山大學(xué) 生物科學(xué) 學(xué)士


      工作經(jīng)歷: 

      2024年7月-至今  江西省中國科學(xué)院廬山植物園 科研助理


      研究領(lǐng)域:

      分子遺傳


      論文及著作:

      周露華, 方俊儀, 熊子墨, 巫偉峰, 劉佳瑞, 陸喬, 凌宏清, 孔丹宇. 不同番茄種質(zhì)的耐澇能力評價[J]. 植物研究, 2023, 43(5): 657-666.

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